رودخانه جاجرود از ارتفاعات رشته جبال البرز در شمال تهران، از کوه های خل نو و شمشک و کوه جانسون سرچشمه گرفته، در جهت جنوب غربی حرکت می کند. پس از پیوستن شاخه گرمابدر و رودخانه روته به سمت جنوب شرق تمایل پیدا کرده با پیوستن رودخانه های امامه و لواسانات کوچک و بزرگ به سد لتیان وارد می شود. از سد لتیان 298 میلیون متر مکعب در سال به تصفیه خانه تهران پارس جهت شرب مردم شرق تهران ارسال می گردد. مازاد آب سد لتیان جهت تغذیه دشت ورامین رها می شود که با دریافت رودخانه های دماوند و رودخانه آه و رود ایرا از حوضه آبریز جاجرود خارج می گردد. رودخانه جاجرود روستاهــای بسیاری را مشــروب می نماید. به دلیل کوهستانی بودن منطقه و مشکل دفع فاضلاب، کلیه پساب ها و فاضلاب های روستاهای مسیر به رودخانه جاجرود وارد می شود. در کنار رودخانه جاجرود دفع زباله و مواد زاید جامد زیاد به چشم می خورد. آب ارسالی از سد لتیان آب شرب مصرفی حدود دو میلیون و ششصد هزار نفر در شرق تهران است. لذا حفظ کیفیت آب آن ضروری می باشد.کیفیت آب رودخانه در سال های قبل مطالعه شد و در 18 روستا قبل و بعد از عبور آب از روستاها نمونه گیری به عمل آمده فاکتورهای مهم کیفیت آب با سال های قبل و با استانداردها مقایسه شد. آب جاجرود در تمامی نقاط هنوز بیکربناته کلسیک سبک است و در وضعیت آب قابل شرب خوب قرار دارد و ایرادی جهت استفاده در کشاورزی ندارد. اما افزایش املاح و آلودگی ها در آن واضح است. میزان آلودگی نسبت به سال های قبل بیشتر شده است و تفاوت قبل وبعد از روستا بسیار واضح است. منبع آلودگی فاضلاب خانگی و نشتاب زراعی مشخص شد. برای حفظ کیفیت آب شرب بخشی از مردم کشور بایستی تمهیدات مدیریتی انجام گیرد که در متن مقاله توضیح داده شده است.

با توجه به اینکه مشخصه های متعددی در آنالیز کیفی آب اندازه گیری می شود، روش شاخص کیفی آب (Water Quality index) از میان شاخص های عمومی کیفی آب دارای بیشترین کاربرد بوده و برای شاخص بندی کیفی حوزه آبریز سد لتیان از آن استفاده گردیده است. تعیین وضعیت آب رودخانه جاجرود و لتیان به عنوان یکی از منابع مهم آبی شرب تهران بزرگ، با توجه به ویژگی ها و تحولات جمعیتی در آن منطقه اهمیت فراوان دارد. این تحقیق براساس نتایج اندازه گیری های صورت گرفته توسط شرکت آب و فاضلاب تهران و مرکز تحقیقات آب و انرژی در تعدادی از ایستگاه های حوزه آبریز سد، به صورت جداگانه به سه روش شاخص بندی کیفی رودخانه و آب خروجی سد لتیان صورت گرفته است. بر اساس نتایج این شاخص بندی، کیفیت آب در به صورت نقاط مجاور مراکز جمعیتی به دلیل ورود آلاینده های میکربی و وجود ذرات معلق جامد و افزایش کدورت افت دارد؛ همچنین نتایج این شاخص بندی ها با یکدیگر مقایسه و تحلیل شده است.

دیاتومه ها گروهی از جلبکهای شاخه Bacillariophyta می باشند. اپی لیتون، گروهی از دیاتومه ها می باشند که بر سطح سنگها و سطوح سخت رشد میکنند. شناسایی فلور دیاتومهای و بررسی تغییرات جمعیتی آنها در رودخانه جاجرود از خرداد 1383 تا اردیبهشت 1384 با نمونه برداری در هر 30 روز یک بار در 6 ایستگاه صورت گرفت و همراه با آن عوامل فیزیکی و شیمیاییDO ، EC،pH و درجه حرارت اندازه گیری شد. نمونه ها با استفاده از روش Reimer و Patrick آماده شدند. در مجموع 51 گونه دیاتومه متعلق به 17 جنس شناسایی شد. جنسهای Navicula Grnn.،Cymbella Kutz، .Gomphonema Kutz.، Cocconeis Ehr. Diatoma Ehr و .Nitzschia Hantz فراوان بودند. کاهش تنوع دیاتومهها از بالادست رودخانه به سمت پایین دست رودخانه نشانه ای از افزایش آلودگی و تاثیر آن بر ترکیب گونهای و فراوانی دیاتومه ها در این رودخانه میباشد.

دیاتومه ها بخش اعظم فلور جلبکی اکوسیستم های آبی هستند. این مطالعه در رودخانه جاجرود به طول 140 کیلومتر از خرداد ماه 1383 تا اردیبهشت ماه 1384 انجام شده است. نمونه برداری به طور ماهیانه از 6 ایستگاه انجام شد. عوامل فیزیکی نظیر DO و EC در محل و عوامل شیمیایی نظیر BOD و COD در آزمایشگاه اندازه گیری شدند. دیاتومه های اپی لیتیک از کوادراتی به مساحت 25cm2 از سطح سنگ تراشیده شدند. دیاتومه های اپی پلیک از سطحی به مساحت 16cm2 از سطح رسوب و دیاتومه های اپی فیتیک از سطح مشخصی از گونه های جنس میکروسپورا و کلادوفورا جمع آوری شدند. جهت مشاهده بهتر تزیینات دیواره سلولی اقدام به تمیز کردن دیواره سلولی و تهیه لام دایمی با استفاده از روش Patrick and Reimer شد. در این مطالعه 90 گونه متعلق به 21 جنس از دیاتومه ها شناسایی شد. گونه های با تنوع زیاد در جنسهایCoconeis, Navicula, Diatoma, Cymbella دیده شد.

رودخانه جاجرود یکی از مهمترین بوم سازگان های آبی استان تهران میباشد و دارای انواع متنوعی از آبزیان از جمله یک گونه خرچنگ پهن می باشد. در این پژوهش خرچنگ پهن آب شیرین این رودخانه در سال 1377 از 5 ایستگاه سد لتیان، ترقیون، خجیر، گیاهان دارویی و سد ماملو جمع آوری شد. نمونه های جمع آوری شده از نظر پارامترهای طول کاراپاس، عرض کاراپاس و ورن بدن اندازه گیری شده و همچنین با بررسی گنادها و تخمها از نظر وضعیت تولید مثلی و تغذیه مورد مطالعه قرار گرفتند. هدف اصلی از این مطالعه تعیین گونه این خرچنگ پهن بوده که با توجه به مطالعات تاکسونوتیک و نیز ارسال نمونه به موزه تاریخ طبیعی هلند و اخذ تاییدیه شناسایی گونه ای مشخص گردید که تمام نمونه ها متعلق به گونه potamon persicum هستند.

دشت ورامین در چهل و پنج کیلومتری جنوب شرق تهران قرار گرفته است. رودخانه جاجرود به عنوان مهمترین رودخانه دشت محسوب می شود و عمده نیاز آبی کشاورزی منطقه از این رودخانه تامین می شود. شور شدن و در واقع تخریب این رودخانه به معنی گسترش بیابانزایی در منطقه تلقی می گردد، بنابراین با توجه به اهمیت موضوع اقدام به مطالعه کیفیت آب این رودخانه گردید. بدین  منظور بعد از مشخص کردن رودهای اصلی و فرعی موجود در دشت، اقدام به نمونه گیری آب در طول مسیر رودخانه جاجرود گردید و رابطه EC با طول مسیر رودخانه مشخص شد. همچنین با استفاده از آمار کیفیت و کمیت آب در ایستگاههای هیدرومتری ماملو برروی رودخانه جاجرود، پل سیمان برروی رودخانه شمیران، کهریزک برروی رودخانه کن، شریف آباد برروی رودخانه کرج - جاجرود، رابطه تغییرات ماهانه EC و SAR با دبی معین گردید. همین طور کیفیت آب هر ایستگاه در هر ماه از روی دیاگرام ویلکوکس تعیین شد. با استفاده از مطالعات زمین شناسی صورت گرفته در دشت، تاثیر سازنده های زمین شناسی بر کیفیت آب و میزان نمکی که از هر ایستگاه به سمت دشت حمل می شود مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که هر چه به سمت جنوب دشت نزدیکتر می شویم از کیفیت آب رودخانه کاسته می شود که این موضوع به دلیل فاضلابهای کشاورزی، صنعتی و شهری از یک طرف و متاثر شدن از سازند های تبخیری از طرف دیگر است.

جاجرود یکی از رودخانه های با جریان دایمی آب در استان تهران محسوب می شود. شرایط محیطی و خواص فیزیکی و شیمیایی آب رودخانه، زیستگاه مناسبی را برای ماهیان سرد آبی بوجود آورده است.جمعیت قابل توجهی از ماهیان در این رودخانه شناسایی شد. آبزیان مهم رودخانه شامل خانواده ماهیان (Salmonidae) و کپور ماهیان (Cyprinidae) بویژه سیاه ماهی (Capoeta sp.) می باشد.جریان دایمی آب، وجود کشت زارهای مختلف، تنوع درختها و درختچه های مثمر در کنار رودخانه و وجود حشرات گوناگون شرایط مناسبی را برای زیستگاه پرندگان بوجود آورده است به طوریکه تعداد 80 گونه پرنده که به نحوی به این رودخانه وابسته اند شناسایی گردید. برخی از پرندگان (مرغابی ها) در آب، برخی (حواصیل) در حواشی و برخی دیگر (گنجشکسانان) بر روی تاج پوشش درختها، درختچه ها و بوته های موجود در اطراف رودخانه زندگی می کنند.تعداد 15 گونه پستانداران با نیازها و وابستگی های متفاوت نیز در اطراف جاجرود زندگی می کنند. برخی از آنها در آب زندگی می کنند و برخی دیگر مثل گراز و شغال گرچه خشکی زی هستند ولی وابستگی اکولوژیکی شدید به محیط های آبی دارند.کمترین تنوع گونه ای جانوری را دوزیستان دارند. گونه وافر دوزیستان قورباغه (Rana ridibunda) و گونه کم جمعیت آن وزغ سبز (Bufo viridis) است که برحسب شرایط محیط با تراکم مختلف در سرتاسر رودخانه پراکنده است. گیاهان بستر، حواشی و مناطق خشک مجاور رودخانه نیز در ایستگاه های مختلف جمع آوری و شناسایی شد.

خصوصیات فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی رودخانه¬ها به تدریج از بالادست به سمت پایین دست رودخانه تغییر می کند و یکی از پیامدهای آشکار آن ایجاد بازه های محدود و مشخصی در طول رودخانه برای زیستن گونه های ماهیان می گردد. در این پژوهش رودخانه جاجرود با روش طبقه بندی هیوت، از سرشاخه های بالادست به سمت پایین دست پیمایش و نمونه برداری گردید. در این مطالعه 783 قطعه ماهی صید شدند که متعلق به 3 خانواده و 8 جنس و 10 گونه بودند. خانواده کپورماهیان با 54.4 درصد و آزاد ماهیان با 4.3 درصد به ترتیب بیشترین و کمترین درصد از گونه های بومی را تشکیل می دادند. نتایج نشان دهنده وجود سه پهنه (Zone) عمده و کلان آزاد ماهیان، کپورماهیان و کپورماهیان مصبی از پهنه های چهارگانه طبقه بندی هیوت است. بعلاوه، چهار پهنه محلی متمایز در امتداد رودخانه بر اساس حضور گونه ماهیان قابل تشخیص بود. پهنه آزاد ماهیان با طول کمتر از 10 کیلومتر حائز اهمیت حفاظتی و تدابیر مدیریتی است. این پژوهش بازه های طولی رودخانه را دارای نشانی کرده که به انجام پژوهش های اکولوژیکی آتی در این رودخانه کمک خواهد کرد و می تواند سرآغازی برای بکارگیری این روش در سایر رودخانه های ایران و شناسایی پهنه های طولی و الگوی پراکنش ماهیان آن باشد.

مواد رسوبی که توسط رودخانه ها حمل می شوند مشکلات بسیاری را بوجود می آورند مانند: رسوبگذاری در مخازن و کاهش ظرفیت مخزن، ایجاد جزایر رسوبی در مسیر رودخانه ها، تخریب سازه های رودخانه ای، انتقال آلودگی، لذا برآورد دقیق میزان رسوب در مسائلی نظیر امور مهندسی رودخانه، طراحی مخازن، انتقال رسوب، تعیین خسارتهای ناشی از رسوبگذاری به محیط زیست و تعیین تاثیرات مدیریت آبخیز کاملا ضروری است. با توجه به اینکه اندازه گیری رسوب رودخانه ها به طور محدود و معدود انجام می شود و فقدان آمار مشاهده ای قابل اعتماد در حوضه ها، جهت برآورد بار رسوب رودخانه ها در مواقع نیاز از معادلات تجربی استفاده می شود. در ایستگاه رودک به منظور انتخاب مناسب ترین روش آماری برآورد رسوب معلق (روشهای آماری از روشهای تجربی محسوب می شوند) داده های متناظر دبی جریان - دبی رسوب در طی دوره آماری 1387 - 1351 جمع آوری و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و با برقراری رابطه بین مقادیر دبی آب و دبی رسوب بر اساس 6 روش آماری برآورد رسوب معلق، اقدام به انتخاب مناسب ترین روش برآورد رسوب معلق گردید و همچنین برای مقایسه این روشها و دقت و صحت آنها از شاخص های آماری RME و MAE و انحراف معیار خطاها استفاده شد. نتایج نشان داد که روش دوخطی، دقیق تر و صحیح تر از سایر روشها بود و به عنوان مناسب ترین روش آماری برآورد رسوب معلق در ایستگاه رودک انتخاب گردید.